národný, regionálny, miestny verejný orgán alebo subjekt poverený členským štátom na certifikovanie výkazov výdavkov a žiadosti o platbu predtým, ako sa zašlú Komisii. V prípade Slovenskej republiky je certikačným orgánom Ministerstvo financií SR. Zodpovedá za koordináciu finančného riadenia pre všetky operačné programy v rámci cieľa Konvergencia a cieľa Regionálna konkurencieschopnosť a zamestnanosť. Vo vzťahu k Štátnej pokladnici vystupuje certifikačný orgán v mene Ministerstva financií SR ako klient Štátnej pokladnice.