Agentúra Ministerstva školstva SR pre štrukturálne fondy EÚ bola zriadená Ministerstvom školstva SR ku dňu 1. 1. 2007. Je štátnou rozpočtovou organizáciou s právnou subjektivitou, ktorá je napojená na štátny rozpočet prostredníctvom kapitoly Ministerstva školstva SR.

Jej hlavnou úlohou je zabezpečiť proces implementácie pomoci zo štrukturálnych fondov EÚ v programovom období 2007 - 2013. Agentúra plní funkciu Sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom, t. j. vykonáva činnosti v rozsahu úloh delegovaných Ministerstvom školstva SR ako Riadiacim orgánom pre operačné programy Vzdelávanie a Výskum a vývoj.

Cieľom agentúry je zabezpečiť kontinuálny proces prijímania, hodnotenia, finančného riadenia a monitorovania projektov tak, aby ich realizácia prebiehala v súlade s harmonogramom a aby finančné prostriedky určené na programové obdobie 2007 - 2013 boli vyčerpané v maximálnej možnej miere.

Uvedením do platnosti zákona č. 37/2010 Z. z., ktorým sa mení a dopĺňa zákon č. 575/2001 Z. z. o organizácii činnosti vlády a organizácii ústrednej štátnej správy v znení neskorších predpisov, došlo k zmene názvu Ministerstva školstva Slovenskej republiky na Ministerstvo školstva, vedy, výskumu a športu Slovenskej republiky. V súvislosti s vyššie uvedenou zmenou sa k 01. 07. 2010 mení aj názov Agentúry Ministerstva školstva SR pre štrukturálne fondy EÚ na Agentúra Ministerstva školstva, vedy, výskumu a športu Slovenskej republiky pre štrukturálne fondy EÚ.