Výskumná agentúra (pôvodne ako ASFEU - bola zriadená Ministerstvom školstva, vedy, výskumu a športu SR (MŠVVaŠ SR) ku dňu 1. 1. 2007) je štátnou rozpočtovou organizáciou s právnou subjektivitou, ktorá je napojená na štátny rozpočet prostredníctvom kapitoly MŠVVaŠ SR.

Jej hlavnou úlohou je zabezpečiť proces implementácie pomoci zo štrukturálnych fondov EÚ v programovom období 2007 - 2013. Výskumná agentúra plní funkciu Sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom, t. j. vykonáva činnosti v rozsahu úloh delegovaných MŠVVaŠ SR ako Riadiacim orgánom pre operačné programy Vzdelávanie a Výskum a vývoj.

Cieľom Výskumnej agentúry je zabezpečiť kontinuálny proces prijímania, hodnotenia, finančného riadenia a monitorovania projektov tak, aby ich realizácia prebiehala v súlade s harmonogramom a aby finančné prostriedky určené na programové obdobie 2007 - 2013 boli vyčerpané v maximálnej možnej miere.